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高速化サービス事例 HPCシステムズではお客様の自作アプリケーションをお客様に代わって高速化する、 高速化サービスを提供しております。 サービス開始以来、大変多くのお客様からお引き合いをいただき、これまでに大学様、国立研究機関様、 企業様合わせて61件のご依頼をいただきました。 高速化の度合いはアプリケーションに依存しますが、4コアで2～3倍、8コアで4～7倍が平均的な実績値となります。最近では、多体電子状態計算プログラムをMPIを使って並列化し、61倍高速化した実績もございます。 GPGPU化では、流体力学計算、分子動力学計算などで10～20倍以上の高速化を実現しております。 CPUのマルチコア化、GPUコンピューティングの進化に伴い、アプリケーションの並列化・高速化がますます重要・急務になっています。 並列化に取り掛かりたいけどやり方がわからない・時間がない、そんな方はぜひ私たちにご相談ください。 ノウハウを蓄積されたい方のために、並列化のコンサルティングも対応可能です。 ◆GPGPUを用いた高速なプログラムの実績をご紹介します>> |
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Gaussian09 を Windows 64bit 向けにビルドしました HPCシステムズ 技術開発本部は 2009年9月1日、Gaussian09 rev. a02(2009年9月1日時点で最新) を Windows XP Professional x64 Edition 上でビルドし、動作させることに成功しました。これまで Gaussian09 を Windows 環境で利用するには、32ビット版 Windows 向けの Gaussian09W を利用する方法しかありませんでした。しかし32ビット版ですと、 使用可能メモリ量が実質的に 1800MBytes 程度までに限られるため、 巨大な分子の計算が行えない・メモリ消費量の大きい計算手法を使用できないといった問題が生じます。 それを克服するには、Linux上でUnix EM64T版等を使わざるを得ませんでしたが、 Windowsに慣れたご利用者様にとってLinux環境は敷居の大きいものです。 本ビルドにより使い慣れたWindows環境で64ビット対応の大容量計算を実行できるようになりました。 |
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連成分子化学計算プラットフォーム「Hybrid QM/MD Platform」を開発しました HPCシステムズと岡山理科大学 直島研究室の共同研究の下、 研究室の生体・基質分子計算フローをシステム化し、誰でも簡単にAmber・Gaussian といった複数の計算プログラムを使える計算プラットフォーム「Hybrid QM/MD Platform」 を開発いたしました。本プラットフォームの特徴は、次の利便性を得られる点です。
デモ公開Amber9ライセンスをお持ちの方に限り、本プラットフォームをデモ公開させていただきます(Webブラウザでアクセスいただけます)。 お試しになりたい方は、◆お申し込みフォーム>> に、必要なご連絡先等をご記入の上、お申し込みください。追ってデモにアクセスする手順をご連絡させていただきます。 |
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～あなたのGaussian計算は、何時間かかりますか？～ HPCシステムズでは、2008年に文部科学省・先端研究施設共用イノベーション創出事業に 採択された課題「量子化学計算ASPにおけるアプリケーションレベルの有効な資源配分の研究」 において、T2Kオープンスパコン東大版を用いて様々な入力に対するGaussian03の計算時間を 網羅的に測定いたしました。 HPCシステムズでは、この課題成果を基に、Gaussian03の入力から所要計算時間や 最大スクラッチファイルサイズを予測するプログラムを開発いたしました。このプログラムの 有用性を確信し、広く一般の利用者様からご利用いただけるよう、本サービスとして公開いたします。 |